子宫内膜异位症治疗，一般有四个目的，分别为祛除病灶、缓解症状、改善促进生育、预防复发。目的不同，其治疗方法也不同。子宫内膜异位症的主要治疗方法包括：观察治疗：如果较年轻，有生育要求，怀疑子宫内膜异位症，但囊肿非常小，可以先试着怀孕，怀孕本身就是对子宫内膜异位症较好的治疗。
子宫内膜异位症要抓住早期治疗，控制子宫内膜异位症发展，防治疗后复发。子宫内膜异位症的治疗方法很多，有手术治疗，西药及中药治疗。西药治疗子宫内膜异位症：多为以假孕疗法为基础。中医中药治疗子宫内膜异位症：具有缓解疼痛、调经助孕、改善症状等显着疗效，同时通过对内分泌、血液流变学、生殖、前列腺素合成于代谢及免疫等方面进行调节，改善生殖系统的功能，以达到提高受孕率的目的。
子宫内膜异位导致粘连可以宫腔镜疗法：宫腔镜在临床中的应用，不但可以判断粘连的程度、粘连的类型，且可以判断粘连的坚韧度。对于膜性粘连、纤维肌性粘连可在宫腔镜下分离或用手术剪除。
子宫内膜异位症主要的治疗方法有药物治疗和手术治疗，根据病人的病情选择合适的治疗方式。女性每次月经到来时，增厚的子宫内膜会脱落并被排出体外，所谓的子宫内膜异位由于子宫内膜组织等种种原因异常地“移位”生长在子宫内膜层以外的地方。
子宫内膜异位到直肠上要根据是否有生育要求选择不同的药物进行周期治疗，对于直肠症状严重的直肠子宫内膜异位症病患，经药物等保守治疗无效时，行手术治疗十分必要。如果异位到直肠位置，直肠位置的子宫内膜，也受卵巢分泌功能影响，但脱落不出来，所以在直肠位置着床，一般会形成直肠子宫内膜移位症情况。
子宫内膜异位可采用保守性手术和半保守手术治疗：前者切除病变组织，保留子宫卵巢，后者切除病变组织和子宫，保留卵巢，通过年龄和生育需求确定手术方式；也可将子宫卵巢同时切除。