巧克力囊肿破裂后应立即就医，通过手术进行治疗。
巧克力囊肿破裂是子宫内膜异位症的一种病变。正常情况下，子宫内膜生长在子宫腔内，受体内女性激素的影响，每月脱落一次，形成月经。如果月经期脱落的子宫内膜碎片随经血逆流经输卵管进入盆腔，种植在卵巢表面或盆腔其他部位，形成异位囊肿，即巧克力囊肿。通常巧克力囊肿破裂后，应立即就医，通过根治性手术进行治疗，并辅以药物治疗。
手术治疗，手术后再辅助用药防止巧克力囊肿的复发，如果巧克力囊肿体积比较大，手术治疗是比较好的，如果巧克力囊肿体积比较小，可以暂时不做特殊处理，但是需要定期复查。
巧克力囊肿子宫内膜异位症的一种，是外源性子宫内膜异位症的一种，这种病在西医上北称为：“不死的癌症”是一种经久反复的疾病。这种病中医保守治疗。中医保守治疗只要对症就能见效，中医保守治疗后复发率低。对于有生育要求的，建议中医保守治疗。
如果囊肿比卵巢长，应在怀孕前治疗，以便怀孕生子。们可以先用药物来治疗。如果效果不明显，或反复疼痛，有必要选择手术治疗方法，传统手术或微创手术治疗这种疾病。有复发倾向，选择正规高新技术专科医院可以签约治疗，在医生的指导下对症的治疗。
轻度巧克力囊肿可以用中药治疗，中药治疗疾病是目前临床上较为常用的一类方法，因其副作用较小而受到广大朋友一致的看好。西药治疗，药物的治疗方法除了可以采用中药以外，西药自然是除此之外又一方便且常见的方法了，对于早期发现且没有产生实质性病变，早期科学对症用药一般能够取得不错疗效。手术治疗。除了药物治疗，手术基本上是治疗本病的又一个有效方法。术后注意清洁卫生。
早期卵巢巧克力囊肿可以中药活血化瘀为主，均衡营养。或者进行积极手术治疗为好，可行腹腔镜探查术，术中剥除巧克力囊肿，术后需要使用消炎药物预防复发。注意饮食方面要清淡，有营养。