治疗卵巢囊肿的时间，这个不固定的，如果两种的尺寸超过4公分，就需要积极的进行对症治疗的，卵巢囊肿多数考虑可能跟炎症或者体内的激素水平发生变化有关系，去当地正规的公立医院咨询清楚后进行检查治疗，病人要遵医嘱，不可自行进行药物治疗，并要定期进行复查，根据病情及时调整治疗方案。
卵巢囊肿有生理性的黄体囊肿或者是炎症刺激导致的炎性囊肿，对于生理性的黄体囊肿一般在来月经干净以后检查最准确，因为这时候囊肿会自然消失不见，对于炎症引起的卵巢囊肿，在炎症消除以后再复查彩超会看到囊肿明显缩小或者消失不见，卵巢巧克力囊肿一般建议在来月经期间进行检查最为准确。
通常情况下，检查卵巢囊肿的最佳时间是月经干净后两三天。具体情况分析如下：
检查是否有存在卵巢囊肿，最佳的时间为月经干净后两三天，因为在这个时间段检查，此时还没排卵，黄体还未形成，可以鉴别是卵巢囊肿还是生理性的黄体囊肿，其他时间检查，如果有也可能只是存在生理性的黄体囊肿，黄体囊肿在月经来了之后可能会自己消失，所以患者可以在月经干净后两到三天做检查，能对生理性的黄体囊肿进行区分。
如果是生理性卵巢囊肿在例假结束后会自然破裂消失。卵巢囊肿可分为生理性囊肿和病理性囊肿。生理性囊肿在例假结束后会自然破裂消失，而病理性囊肿则不会消失。可以在例假结束后三到七天到医院复查一个子宫附件B超或彩超检查，根据检查结果明确诊断。
生理性卵巢囊肿在月经干净后可以自行消退。可以在月经干净后3-7天之内做B超，多数情况下B超看不到生理性黄体囊。在怀孕时也会出现生理性的黄体囊，怀孕以后卵巢不排卵也会去黄体化，出现生理性的黄体囊，在怀孕三个月以后，卵巢囊肿就可以自行消退。需要通过B超检查才能明确诊断。
孕期卵巢囊肿大部分都是良性，浆液性，粘液性的囊肿，手术只是把囊肿拿掉，卵巢是不动的，所以不会影响怀孕。术后尽早下床活动，尽早排气，尽早进食。一个月内禁止同房，平时要多注意休息，注意饮食清淡，不要吃一些辛辣刺激的食物，以免影响身体的恢复。在月事干净三到七天之间进行手术切除这个囊肿就可以了。