真菌检查包括直接镜检、真菌培养、组织病理检查等。需要通过抗真菌的药物改善。刮取碎甲及甲下碎屑，镜下可见真菌菌丝。真菌培养阳性。外部表现可见甲板失去光泽，日久甲板变脆而破损脱落。多呈灰白色，且失去光泽；甲板增厚显著，表面高低不平。其质松碎，甲下常有角蛋白及碎屑沉积。有时，甲板可与甲床分离。
灰指甲通常指甲癣。一般情况下，不存在“最好”的说法，甲癣可以通过使用药物、日常护理等方式来治，具体内容如下：
1.使用药物：如果患者有甲癣，应及时就诊，遵医嘱使用盐酸特比萘芬乳膏、伊曲康唑颗粒等药物进行治疗，必要时可以拔甲进行治疗。
2.日常护理：如果患者患有甲癣，应养良好的卫生习惯，要注意保持甲部清洁、干燥，要及时更换、清洗鞋袜，尽量避免穿着他人的鞋袜，以免出现传染。
灰指甲是真菌感染后可以引起指甲的灰黄和发空，灰指甲治疗不及时可以发生自身传染，也可以传染给身边的人，可以去医院进行检查，用抗真菌药物对症治疗，症状严重的灰指甲可以进行拔甲手术治疗。
灰指甲本身是真菌感染引起的，中药没有专门针对真菌治疗的药物。用中药的话也只能是清热解毒类的药物，可以起到辅助治疗的作用，需要用特比萘芬片，或者灰黄霉素，进行抗真菌药物治疗，按照规定的疗程用药，注意肝功情况。
花椒按照中医的功能主治来说是有杀菌的作用，因此如果用花椒水来涂灰指甲，可能会有减缓的趋势，但是也并不是所有的人对药物敏感，用花椒和盐煮水.盐具有杀菌的作用，而花椒能够除湿，很好地收敛皮肤，这对治疗脚气很好.拿个小盆，先接些凉水，将煮开了的花椒盐水适量地加入盆中.好了，温度差不多不烫脚的时候就可以拿来泡脚了.像这样用煮过的花椒盐水泡脚，每天一次，坚持使用一周，一般的脚气都能被治好。
