肛周脓肿症状在周围皮下脓肿最常见，多由肛腺感染经外括约肌皮下部向外或直接向外扩散而成，常位于肛门周围皮下部，一般不大，主要症状是肛周持续性剧痛，受压或咳嗽时加重，行走不便，坐卧不安，全身感染症状不显。
骨盆直肠窝脓肿全身症状重，先寒战高热，周身倦怠，严重可有败血症的中毒症状。局部症状轻，仅有直肠下坠感，酸痛或不适的表现，亦可发生排尿困难。直肠后脓肿全身症状与骨盆直肠窝脓肿相似，但局部症状主要在尾骶腰部酸胀坠痛，向背部及两侧大腿放射，尾骨有压痛，不能端坐。直肠粘膜下脓肿有周身不适，倦怠，发热。
早期症状主要表现为肛周肿物隆起、色淡红、皮温高、伴疼痛、发热，这是感染化脓性疾病，有的脓肿可出现破溃、流脓。之后疼痛症状会减轻，破溃口会间断的分泌分泌物，肛周脓肿也会再起，反复发作。
骨盆直肠窝脓肿全身症状重，先寒战高热，周身倦怠，严重可有败血症的中毒症状。局部症状轻，仅有直肠下坠感，酸痛或不适的表现，亦可发生排尿困难。直肠后脓肿全身症状与骨盆直肠窝脓肿相似，但局部症状主要在尾骶腰部酸胀坠痛，向背部及两侧大腿放射，尾骨有压痛，不能端坐。直肠粘膜下脓肿有周身不适，倦怠，发热。
肛周脓肿多由肛腺感染引起，属于肛周急性化脓性感染疾病。任何炎症疾病的特点就是红、肿、热、痛和局部症状。肛周脓肿会出现肛周局部红肿症状，伴有强烈的疼痛感觉，而且疼痛呈持续性，与体位和排便无关，若疼痛症状严重，甚至可以引起排便和排尿困难。严重的肛周脓肿炎症细胞入血，白细胞显著升高，还可以引起全身发热症状。