主要的治疗方案是手术，手术是在脓肿波动最明显处进行切开引流，将脓肿内的脓液放出，然后再换药使脓腔慢慢闭合。肛周脓肿的药物治疗，不能解除肛周脓肿的根本问题，即便缩小以后还可能多次复发。
对于肛周脓肿，西医常用的是抗生素，可以通过口服或者静脉点滴来进行治疗。
对于肛周脓肿，可以在浅浅的地方涂抹，如果是在皮肤比较浅的地方，那么就可以进行手术。反之，局部脓肿不是消失，而是扩大，或者是软化，就是已经形成了脓液，可以通过切口排脓。对于小儿肛周脓肿，父母要立即送到正规的医疗机构进行正确的处理，以促进病情的好转。上述药品需要在医生的指导下服用。
肛周脓肿首先需要应用抗生素治疗，平时经常清洗肛门处，注意个人卫生，有助于炎症消退。另外，肛周脓肿单纯保守治疗是无法完全治好的，以后还是会反复的发作等目前炎症改善消退以后，可以进行脓肿切开引流，然后按时换药消毒，这样脓肿腔逐渐长平以后，就可以治好。
少数肛周脓肿用药物，热水坐浴及局部理疗等可以消散，但多数需要手术治疗，单纯性脓肿的治疗可在截石位或侧卧下，用局麻或腰麻，在脓肿部位做放射状切口，放出脓液后，伸入食指探查脓腔大小，分开其间隔。必要时将切口边缘皮肤切开少许，以利引流，最后用纱条放入脓腔做引流。
初期肛周脓肿可以选择有效的抗生素治疗。肛周脓肿多由肛腺感染经内外括约肌间隙向下经外括约肌皮下部向外扩散而成，常位于肛门周围皮下部。局部可见肛门边缘皮肤红肿，伴硬结和触痛，后期可有波动感。
肛周脓肿想要治好需要找到内口，治疗内口，后期饮食注意就不会在复发，一般只切开排脓是达不到效果，去正规的肛肠医院检查治疗。不要过食辛辣，过度饮酒，注意个人卫生。还要忌食生冷之物及油腻之品，以防发生腹泻或粪渣堵塞肛窦。