如肛乳头较大，一般主张手术治疗，与肛裂一齐处理。坐浴法：热水坐浴每日1-2次，局部热敷，改善血液循环促使炎症的吸收。使用药物涂以乳头上，可以治疗。平时要注意休息，多喝热水。
肛乳头瘤治疗最快方法是手术治疗，可以采取微创手术，可以做肠镜手术，手术中需要用麻醉，因此在手术中是感觉不到疼痛的。因为在做肠镜检查时一般不需要麻醉，所以会有明显的感觉，做手术不一样，会采取麻醉，不会有疼痛感的。
虽然手术治疗对肛乳头瘤是治疗性的，但要严格掌握其手术时机。要根据其病情不同时期的发展，采用相应的综合治疗方法，对早期的采用一些预防性的治疗，对不能手术的病人，在治疗的同时，配合中药灌肠治疗，以提高疗效。在手术当中要注意保护肛管皮肤，尽量减少对肛管皮肤的损伤，避免后遗症的发生。
肛乳头瘤如果没有什么明显的症状，只是在做肠镜的时候发现比较小的肛乳头。是不需要什么处理的，密切观察就行。但是如果肛乳头瘤比较多，或者体积比较大，甚至在排便的时候，肛乳头会脱出到肛门外面，有明显的不适感，可以考虑手术切除。
对一些症状比较轻的病人，非手术疗法仍然是主要的治疗方法。瘤体较大或症状重者手术治疗。对早期疾病采用一些预防性的治疗，对不能手术的病人，在治疗的同时，配合中药灌肠治疗，以提高疗效。