小儿秋季腹泻常见的病原体有轮状病毒、柯萨奇病毒两种。
轮状病毒是导致小儿秋季腹泻的主要原因，病毒会通过粪口传播，或经气溶胶的形式经呼吸道感染。6个月到3岁的孩子是主要发病人群，因10-11月份是常发季节，因此又叫小儿秋季腹泻，潜伏期1-3天。是一种自限性疾病，病程约在3-8天，目前没有针对轮状病毒的特效药。
导致小儿秋冬季腹泻的常见原因是消化系统发育不成熟，酶的活性差，营养需求高，肠道负担重，吃太多淀粉类、脂肪类食物，会导致消化功能紊乱，从而引起腹泻。
1、免疫力低，小儿神经系统、分泌系统、循环系统、肝肾功能不成熟，性能差，免疫功能不成熟，病原菌随食物进入人体导致腹泻。
2、轮状病毒感染，这是导致小儿秋季腹泻的主要原因，人工喂养的小儿较常见，喂养时用的器皿和食物，没有消毒或消毒不彻底，可能感染病毒。
3、呼吸道或水源感染，这种情况在8-12个月时多发，以10-11个月达到高峰，因为温差大，忽冷忽热，容易导致感冒腹泻。
便秘、腹泻是由肠道功能失调引起的，常见的有结肠炎、局部性肠炎、肠道激惹综合症、肠结核等。
如果是平时饮食不合理，或者是精神压力过大，都会导致便秘和腹泻。如果有上述情况，可以口服一些调理肠道菌群失调的药物，或是帮助消化的药物。如果出现比较严重的情况，可以通过肠镜、大便常规等方法进行诊断，明确原因再进行治疗。
小儿秋季腹泻多是病毒感染导致，主要的症状有发烧、呕吐、腹泻。
发烧后呕吐会持续一两天，每天大便4次或7-8次，严重的可能达20次。大便呈水样，没有黏液和脓血，大便量多，通常是低烧或中度发烧，很少会有高烧，有腹胀、腹痛、恶心、呕吐肠鸣音活跃的情况，要观察宝宝体温、精神状态和小便量，避免脱水，必要时尽快到医院就诊，补充水电解质治疗。
宝宝主要吃的是母乳和奶粉，粪便的性质也是不同的。母乳哺育的宝宝一天3-4次，粪便呈糊状，呈亮黄色。宝宝的粪便一般都是软的，也有少量的宝宝比较干燥。如果小孩的大便特征与以往相比，有很大的差别，比如粪便中有大量的水迹，或是带有乳脂，粘液，也可能会出现一些带着红色的血迹，或是宝宝的大便稀薄呈绿色，而且大便频率比较高。
一般情况下，便秘腹泻相交替最常见于克罗恩病、溃疡性结肠炎、肠结核、肠道恶性肿瘤等疾病，具体情况分析如下：
便秘和腹泻是交替的，如果是突然的，也可能是因为肠胃功能失调、饮食方面的原因；但如果持续时间长了，就要考虑肠易激综合征、消化道的器质性病变，如克罗恩病、溃疡性结肠炎、肠结核、肠道恶性肿瘤等，应及时到正规的医院进行全面的检查，及早确诊，并进行合理的治疗。