肠炎通常会用一些方法减轻直肠黏膜水肿，口服一些药物，改变肠道的菌群，给予一些益生菌药物。医院肛肠科有些病人，采用把弥散的He-Ne激光导到直肠腔里，做黏膜照射也能够起到很好的治疗作用。
少吃辛辣刺激性的食物，保持规律的生活习惯和饮食习惯。注意保持心情的舒畅。直肠炎是可以治疗的，一般是使用中药保留进行观察，或者是使用复方黄柏叶进行灌肠，然后使用麝香痔疮膏和普济栓赛高，同时尽量避免疲劳熬夜。
直肠炎的治疗包括饮食治疗，腹泻期要注意补充营养，适当减少饮食中纤维素成分，以易消化富含叶酸、铁、钙、镁、锌等微量元素的流质饮食为宜。心理治疗，做好思想工作，尽量全身放松。
直肠炎平时注意腹部保暖，避免受凉。要饮食有规律，一日三餐做到定时定量，不过分饥饿、不暴饮暴食，这样有利于肠道消化平衡，避免因无节制饮食而，致肠道功能紊乱。治疗主要通过适当休息，进食清淡、营养丰富、刺激性少的食物，并得心情愉快，劳逸结合。
溃疡性直肠炎大多与不良的生活饮食习惯和烟酒刺激有关，恢复较慢，治疗后容易复发。如果有溃疡性直肠炎，就应该清淡饮食，尽量少吃油腻辛辣刺激性食物，不要吸烟与喝酒，多喝水，多吃蔬菜和水果，及时到正规医院检查治疗。