一旦确诊为肛瘘，唯一有效的方法就是手术的，除此之外没有任何保守疗法的，可以选择微创无痛手术的。建议多注意观察目前的情况，可以使用碘伏液进行擦拭消毒。疼痛感会随着时间慢慢减少减小。恢复需要一个多月的时间。
推拿是不能治疗肛瘘的。不过做推拿对身体的好处还是有很多的，推拿是利用人体的经络、穴位、皮肤接触性来进行的治疗的方法，能疏通经络、推行气血、扶伤止痛、祛邪扶正、调和阴阳。
肛瘘是需要医治，不治是不会自己好的，一般可以通过手术医治，在饮食方面要清淡，主要吃流食和易消化食物、可以多吃青菜和水果，平时还要注意局部卫生，多用清水清洗，还要多注意休息。
肛瘘是肛门直肠周围脓肿的后遗疾患，脓肿破溃或切开后不能愈合，最终形成瘘管，肛瘘只能够通过手术切除瘘管、内口，到目前为止还不能以非手术的方法。其手术的原则是彻底切除瘘管、正确处理内口。
肛瘘是不能针灸治疗的。肛瘘是由于肛周脓肿造成的窦道，由于与外界相通，大便时会有粪便进入窦道，长期感染，经久不愈，是一种器质性病变。可以在痿官内塞药纸进行治疗。