肛乳头瘤是要通过手术切除的方式来消除的，这样会比较彻底，要积极的治疗，以免耽误病情，增加治疗的难度。饮食要注意清淡为主，不要吃辛辣刺激的食物，对于控制病情也是有帮助的。
肛乳头瘤手术比起传统手术来说，优势在于手术伤口比较小，而传统手术的伤口要大一些的，但手术会比较彻底一般不会出现复发的。而肛乳头瘤微创手术虽说伤口小，但就怕手术不干净后，复发的几率会高一些的。后遗症的产生情况要看个人的总体体质，如果在手术时有很好的耐受力来接受整个治疗，也未必一定会产生后遗症，所以在手术期间增强自身体质与免疫力就显得尤为重要。
肛乳头瘤虽为良性肿瘤，但肛乳头瘤的发生主要与肛窦炎有着密切的关系，二者互为因果。非手术疗法目前对一些症状比较轻的，仍然是主要的治疗方法。坐浴法：热水坐浴每日1—2次，局部热敷，改善血液循环促使炎症的吸收。
肛乳头瘤混合痔要进行手术治疗的，它的发病原因和病人便秘，造成肛周静脉曲张有关系，口服药物或者是外用药物，是治标不治本的，平时要注意多喝水，清淡饮食，忌烟忌酒，按时休息。
肛乳头瘤是一种良性肿瘤，中医治疗的效果还是很不错的。很多时候会选用一些皮表的处理方法，比如激光，去除多余的增生部位。但是治标不治本，病因仍然没有解决。中医里面主要是以调理为主，增强自身的免疫力，防止细菌的侵害，常用清热利湿解毒等方法。
早期采用积极有效的治疗，对预防肛肠疾患的发生，有着重要的意义。加强综合治疗：虽然手术治疗对肛乳头瘤是能治好的，但要严格掌握其手术时机。要看其病情不同时期的发展，采用相应的综合治疗方法，对早期的采用一些预防性的治疗，对不能手术的病人，在治疗的同时，配合药物灌肠治疗，以提高疗效。