肛瘘是由肛门腺感染形成，正常人有5-6个肛门腺，单个肛门腺感染即可形成一次肛瘘，及时手术治疗，术后创面恢复良好，不易复发。其余肛门腺发生感染，可再次形成肛瘘，称为肛瘘再发，而不是复发，因此肛瘘可以治好，但也可再次发生，预防肛瘘再发应保持良好的生活习惯，禁忌长期熬夜，饮酒，过多进食辛辣刺激性食物；需加强体育锻炼，提高机体免疫力。
典型的肛瘘包括内口、外口和瘘管。内部开口主要分布在齿状线上。可能有一个内部开口或几个内部开口。对于肛瘘，保守治疗无效。一旦发现，建议尽快操作。肛瘘分为低位肛瘘和高位肛瘘。不同类型的操作方法也不同。对于高位肛瘘，一般采用挂线疗法预防术后大便失禁。
肛瘘是需要医治，不治是不会自己好的，一般可以通过手术医治，在饮食方面要清淡，主要吃流食和易消化食物、可以多吃青菜和水果，平时还要注意局部卫生，多用清水清洗，还要多注意休息。
肛瘘是不能针灸治疗的。肛瘘是由于肛周脓肿造成的窦道，由于与外界相通，大便时会有粪便进入窦道，长期感染，经久不愈，是一种器质性病变。可以在痿官内塞药纸进行治疗。
肛瘘是肛门直肠周围脓肿的后遗疾患，脓肿破溃或切开后不能愈合，最终形成瘘管，肛瘘只能够通过手术切除瘘管、内口，到目前为止还不能以非手术的方法。其手术的原则是彻底切除瘘管、正确处理内口。