可以把肛瘘的手术分成两大类，第一类是传统或者说肛门括约肌不保护型的手术，这类手术的特点是成功率高，但肌肉有损害。第二类是现代或者说肛门括约肌保护型的手术，这类手术的特点是成功率较第一类低，但肌肉损害小甚至无损害。
肛瘘的危害很大，一旦患有了肛瘘以后，都会特别的痛苦。而且一旦肛瘘形成，自愈的机会极少，瘘管复杂化后，带来许多麻烦与一定的危害性。当如果选择好的医院，先进的技术是可以治好不复发的。
肛瘘是需要医治，不治是不会自己好的，一般可以通过手术医治，在饮食方面要清淡，主要吃流食和易消化食物、可以多吃青菜和水果，平时还要注意局部卫生，多用清水清洗，还要多注意休息。
肛瘘手术方法可以将瘘管内外口全部切开，使创面完全开放，然后经过换药使创面达到治疗效果。治疗低位复杂瘘、高位肛瘘则因手术水平的差异而存在着很大区别。有的治疗低位复杂瘘的方法是将所有外口及管道全部切开，而治疗各种高位肛瘘则采用传统的挂线术方法。
肛瘘是肛门直肠周围脓肿的后遗疾患，脓肿破溃或切开后不能愈合，最终形成瘘管，肛瘘只能够通过手术切除瘘管、内口，到目前为止还不能以非手术的方法。其手术的原则是彻底切除瘘管、正确处理内口。
