肛瘘的初期症状肛瘘初期流脓较多，色黄而稠，粪臭味重。久之，脓液逐渐减少，时有时无，稀淡如水，如果过于疲劳，则脓液增多，可有粪便流出。有时瘘管外口可暂时封闭，会出现发烧、局部肿痛，封闭的外口可再度穿破，待脓液流出后症状才逐渐消失。
据肛瘘内口位置的高低分为低位肛瘘与高位肛瘘，根据肛瘘内口的多少又分为单纯性的肛瘘和复杂性肛瘘，一般对于低位单纯性肛瘘通常可以采用一次性的切除，对于高位肛瘘或者是高位复杂性肛瘘，通常采用肛瘘挂线治疗。
开始为流脓相对较少，颜色发黄或时有时无，有时脓液刺激肛周皮肤，有瘙痒感。若外口暂时封闭，脓液积存，局部呈红肿，则有胀痛，如瘘管引流通畅了，则局部无疼痛，仅有轻微发胀的不适。
出现肛瘘要及时治疗。药物治疗是很重要的方面，比如使用洗剂坐浴或者外涂药膏进行治疗。另外可以使用中药治疗，内服之后会起到较好的疗效。除此之外手术治疗也是重要的方面，比如对于肛瘘发作期合并感染的病人可以切开引流治疗。
肛瘘前期会有明显的肛周不适、疼痛，伴有低热，肛门周围的瘙痒，病人多数有习惯性的腹泻，或者反复的肛门流液，直肠炎症的表现，也会出现排便带血，如果肛周形成了明显的瘘口破溃，还会伴有脓血性的分泌物。