一旦确诊肛瘘，没有保守的治疗方法，所谓的药物治疗，仅仅是能缓解肛瘘的症状并不能达到根治的目的。所以只有手术才能治愈肛瘘，少数肛瘘可行瘘道切除术后一期缝合或游离植皮。
有内、外口的低位单纯性肛瘘、高位单纯性肛瘘或作为复杂性肛瘘切开、复杂肛瘘切除术的辅助治疗。挂线疗法是复杂性肛瘘手术中最常用、最普遍的方法。挂线是利用橡皮筋或有腐蚀作用的药线的机械性压迫作用，缓慢切开肛瘘的方法。挂线既可松驰挂线作标志和促进纤维化作用，达到短期和长期引流的治疗目的。也可以逐步紧线以达到缓慢切割括约肌的目的。而药线的作用主要是抗菌，抗炎和促进肛瘘的愈合。
肛瘘是需要医治，不治是不会自己好的，一般可以通过手术医治，在饮食方面要清淡，主要吃流食和易消化食物、可以多吃青菜和水果，平时还要注意局部卫生，多用清水清洗，还要多注意休息。
据肛瘘内口位置的高低分为低位肛瘘与高位肛瘘，根据肛瘘内口的多少又分为单纯性的肛瘘和复杂性肛瘘，一般对于低位单纯性肛瘘通常可以采用一次性的切除，对于高位肛瘘或者是高位复杂性肛瘘，通常采用肛瘘挂线治疗。
肛瘘是肛门直肠周围脓肿的后遗疾患，脓肿破溃或切开后不能愈合，最终形成瘘管，肛瘘只能够通过手术切除瘘管、内口，到目前为止还不能以非手术的方法。其手术的原则是彻底切除瘘管、正确处理内口。