肛瘘的症状是会排脓，脓汁粘稠，黄色、味臭；瘘管日久的排脓相对较少，或时有时无，稀淡如水；若脓量增加，则表示新瘘管生成瘘管有时会暂时封闭，不排脓液，从而出现局部肿痛，体温上升。
可有肛门流脓、肿痛、肿块、瘙痒等症状，脓液经常刺激瘘口周围皮肤，致肛门皮肤瘙痒或湿疹。肛瘘是肛门直肠瘘的简称，是发生在肛门直肠周围的脓肿溃破或切口引流的后遗病变。肛瘘是脓肿后时代，是一个疾病的两个阶段。
肛瘘症状有局部红肿、疼痛、流脓、骚痒或湿疹，严重的还会出现发热的症状。发现症状要及时去医院检查，如果病情严重，需要手术治疗。多吃清淡富含营养的食物，不要吃油腻的食物。
肛瘘常常会伴有肛周的干痒和有脓肿出现，也会使肠胃发生不适出现腹胀，腹痛的症状，排便也会受到影响，而且反复发作，长时间不愈合，和愈合以后很快又会肿痛破溃，肿痛和破溃这两种病症是交替出现。甚至伴有出血的症状。肛瘘这种病，是由肛周脓肿发展而来的。
肛瘘在早期最常见的症状就是流脓，明确诊断之后，积极进行治疗，否则很容易使病情进一步扩展，增加治疗难度，除此之外在日常生活中，一定要注意饮食，禁忌生冷刺激辛辣食物，注意好个人卫生习惯。