肛周囊肿的治疗主要是手术治疗。肛周囊肿是表皮样囊肿，起源于具有分化潜能的上皮细胞，囊壁覆角化上皮，该病多发于青壮年，是一种良性肿瘤，罕有恶变。发生于肛周的表皮样囊肿存在破裂、继发感染的可能，无论有无临床症状，均应手术治疗，且强调肿块切除的完整性以降低复发率。
肛周囊肿平时要注意喝水，多吃一些水果蔬菜和一些新鲜的果汁，少吃一些营养容易上火的食物，平时要注意个人卫生，多用清水清洗，每天换洗贴身衣物，穿纯棉较好的内裤，还要注意休息。
及时采取HCPT手术，手术整个过程在电脑精密控制中进行，术中和术后安全可靠；HCPT无需像传统手术那样将脓肿大面积切开，避免手术对造成较大的创伤。到当地正规的大医院，或者是三甲医院，早日治疗早日康复，以免延误治疗。
少数肛周囊肿用抗生素，热水坐浴及局部理疗等可以消散，但多数需要手术治疗，平时保持肛门清洁，可用温水坐浴，注意少吃油炸熏烤食品，少吃味香肥美的油腻食品。不要吃刺激性食物。肛周脓肿是因直肠炎症等蔓延到周围形成是一个浓腔，脓液较少时可以通过大剂量的消炎药治疗，但脓液较多时应该要切开引流，并且要大剂量，长时间用消炎药治疗。
表浅脓肿可选择口服光谱抗生素，对范围相对大的脓肿需联合用药。早期通过积极的手术治疗，绝大部分肛管直肠周围脓肿可获得理想的效果。高位脓肿病情复杂，存在反复发作可能。极少数因感染过重，可造成死亡。
