肛周脓肿的主要病因为肠道菌群失调和机体免疫力下降。该病的病原体为肠道内细菌，致病菌经肛窦侵入，于肛腺内引起感染，发生扩散，此为感染途径，最后的发病部位为肛周间隙，即形成肛周脓肿。
得肛周脓肿是因为肛裂、大便干燥或用力排便等引起肛管直肠内微小损伤，肠道内细菌可经过损伤处的肛腺浸入到肛管直肠周围间隙而形成感染，进而形成脓肿。如果脓肿的位置较深，则可能有发热、乏力等全身症状。
有些小孩子如果肛门周围出现厌氧菌感染，或者是结核杆菌都可能会引起出现了肛门周围脓肿发炎的产生，也可能会导致局部疼痛的症状。孩子如果出现了肛门脓肿的现象，可能是由于直肠部位的化学注射药品刺激导致的这一现象，有的如果出现了腹膜穿孔感染，会引起肛门周围出现脓肿的产生，还可能会引起局部麻醉和疼痛的感觉。
肛周脓肿是感染引起的。肛门是人体排泄物的一个出口，所以肛周围炎症可以导致肛周围腺体的堵塞，细菌污染后，长久不愈合便可以引起感染，也就得了肛周脓肿。还有一些外痔、内痔的炎症疾病不能及时处理，加上粪便的污染，进而可以感染肛门周围继发脓肿。
肛周围炎症可以导致肛周围腺体的堵塞，细菌污染后，长久不愈合便可以引起感染，也就得了肛周脓肿。还有一些外痔、内痔的炎症疾病不能及时处理，加上粪便的污染，进而可以感染肛门周围继发脓肿。另外，有些肛周脓肿的手术术后，由于更换敷料，不能够有效的配合，并发肛瘘的可能，术后即使肛周脓肿已经愈合，其实肛瘘还是存在的，得二次肛周脓肿的机会已经大大增加。
肛周脓肿引流后可以通过触摸的办法来判断肛门附近是否有一条硬条的索道，如果有就是形成了肛瘘。具体的判断方法应该是b超检查或者是肛瘘管造影。在形成肛瘘后，会有瘙痒等症状，还有可能会分泌一些不明物体。在治疗期间一定要避免吃过于辛辣的食物，不要长时间久坐。