肛周脓肿的治疗方法，包括非手术治疗和手术治疗。非手术治疗方法包括应用抗生素治疗，选用对革兰氏阴性杆菌有效的抗生素，也可以采取温水坐浴和局部理疗，以及口服，以减轻排便时的疼痛。脓肿切开引流是治疗肛周脓肿的主要方法。
如果肛周脓肿严重，那么需要切开引流。手术切开引流后需要外科换药，同时需要静滴抗生素治疗。治疗期间，不要吃辛辣食品，不要吃寒凉的食品，多吃蔬菜水果、多饮水，保持大便通畅，保持肛周清洁干燥。
肛周脓肿是由复杂的原因引起的，直肠周围的钢管或软组织以及周围空间的细菌感染。还应该注意个人卫生。目前，注意个人卫生，少吃刺激性食物。还要养成一个良好的排便习惯。
患上肛周脓肿时，在多数情况下，脓液会破坏健康的皮肤组织，病变的地方也会慢慢扩大。假如破坏直肠粘膜，脓液就会进入肛管内部，也有可能按原路返回肛管，这就是从肛门小窝排脓，但多数情况都是向皮肤破溃，这就是所谓的自然排脓。
肛周脓肿肛瘘并没有想象中的可怕，也不是特别严重，更不是什么不治之症，只要病人在发现病情的时候及时去医院看医生，接受正规的治疗，病情是完全可以恢复的，不要太过担心和害怕。
肛瘘严重。肛周脓肿如果没有得到有效的控制就会变成肛瘘。如果肛周脓肿的脓包不大，皮肤能代谢下去，就不会发展成肛瘘。如果肛周脓肿包很大，而且出脓头，破脓了，就会形成肛瘘，肛瘘只有开刀了。