肛周囊肿程度比较轻，可以通过注意休息坐浴，局部周围热敷，可以进行较快的缓解，如果肛周脓肿比较严重，需要进行手术治疗。肛周囊肿严重就切开引流。忌辛辣刺激忌酒，可消炎药物坐浴，按时休息，避免久蹲久坐，保持大便通畅。
肛周囊肿的治疗应该严格的与肛周脓肿进行区分，肛周脓肿仅需要切开引流或者把脓腔切开就可以达到根治的目的。但是肛周囊肿的治疗，它的治疗是完整切除囊肿的囊壁组织以及内容物，有任何囊壁残留都可以导致疾病的复发。
肛周囊肿是一种很常见的肛肠科疾病，在囊肿形成的早期，病者可以采用抗感染治疗，比如可以使用抗生素，热水坐浴、理疗等治疗，同时病者也要预防其它肛肠疾病，比如肛窦炎肛裂，痔疮等，在饮食上要多注意吃一些清淡易消化的食物，防止便秘。
如果是已经形成了肛瘘，就要立即手术，因为时间长了，容易形成多个瘘管，增加手术的复杂性和痛苦。越早手术越好，因为这与医生的技术和经验有很大关系，所以要到正规的肛肠专科医院手术治疗，这样能很快得到治疗。还不复发。
肛周囊肿可采用药物治疗、热水坐浴、局部理疗等方法消散，但多数需要手术切开囊肿，充分引流脓液，防止其不断扩散，以减轻疼痛等症状。要注意清淡饮食，多吃易消化食物，保持大便通畅，避免久坐。
肛周囊肿好了后，要注意局部保持干燥，平时多注意个人卫生，坚持每次大便后用水冲洗，勤换内衣多注意观察。饮食要清淡，不要吃辛辣刺激的食物，保持愉快的心情，不要熬夜。