表浅脓肿可选择口服光谱抗生素，对范围相对大的脓肿需联合用药。早期通过积极的手术治疗，绝大部分肛管直肠周围脓肿可获得理想的效果。高位脓肿病情复杂，存在反复发作可能。极少数因感染过重，可造成死亡。
如果是已经形成了肛瘘，就要立即手术，因为时间长了，容易形成多个瘘管，增加手术的复杂性和痛苦。越早手术越好，因为这与医生的技术和经验有很大关系，所以要到正规的肛肠专科医院手术治疗，这样能很快得到治疗。还不复发。
早期症状很轻微，具有肛门部不适或沉重感，继则肛缘有一突起包块，出现剧痛，有时伴有全身症状，如果脓肿位于前侧可出现排尿困难。去专业正规的医院进行检查和治疗。肛周脓肿手术后需要注意不要饮食辛辣，因为刺激性的食物会再次诱发肛周炎性，导致创口不愈合，手术后要根据自己的情况及时更换药物，加快恢复。
服用药物治疗肛周脓肿时，一些药物和一些饮食是不能同时吃的。如在服用清热解毒剂时，应该忌吃鱼、虾、羊肉、香菜、韭菜等，竹笋、狗肉、海鲜等食物也不要吃。绿豆粥，主料：大米250克，绿豆150克，白砂糖200克，常用水适量。做法：1.将大米用清水淘净；绿豆去杂质，用清水洗净。
囊肿形成早期，可采用抗感染治疗(中药清热解毒、疏泻通宣，通便、热水坐浴、理疗、休息等)。囊肿形成时，及时手术引流。囊肿全身症状重者，除根据临床和药敏试验选择有效抗生素外，还要支持对症治疗。在囊肿引流时，若发现明确的内口，可同时行手术。
