长期不治疗会导致癌变。肛瘘初期的时候产生的危害并不大。但是时间一旦加长，将会产生很大的伤害，肛瘘如果长期不采取治疗措施就会危害到身体，甚至还有可能导致癌变的可能性。
如果存在肛瘘这种疾病，一定要少吃辛辣刺激性的食物，少饮酒，因为辛辣刺激性的食物经常会刺激，导致肛瘘的内口张开，进入致病菌很容易导致瘘管的感染，导致肛瘘的发作，会有疼痛、脓性的分泌物流出，会很痛苦。
肛瘘的发生与湿热有关，对于油腻饮食可以内生湿热所以不宜多吃，应多吃清淡含丰富维生素的食物，肛瘘多是肛周脓肿的后遗症，而肛周脓肿又与肛窦炎和肛腺炎有关。尽量避免发生以及早期治疗肛窦炎和肛腺炎，使不致转变成肛周脓肿，是减少产生肛瘘的重要因素。养成良好的排便习惯，每日排便后坐浴保持肛门清洁对预防感染有积极作用。
严重。不尽早治疗不仅给工作和生活造成不便，而且较长病程的肛瘘还有可能会形成直肠狭窄，导致排便困难，给患者造成很大的精神负担。个别的长时间的病例还有癌变的可能性。
如果肛瘘手术早期，肯定对性生活是有一定的影响的，肛瘘本身对性生活是没有什么影响的，就是要知道肛瘘的发病原因。肛瘘是肛周脓肿破溃以后，而形成的一个后遗症，肛瘘可以分为三个部分，分别位于内口、外口和瘘管，内口位于直肠内肛粘膜处，外口位于肛周的周围，瘘管是连接于内口和外口的结缔组织管道。症状就是外口处反复破溃流脓流液，引起肛周的潮湿瘙痒，因此说是不影响性生活的。