预防肛瘘首先养成良好的排便习惯，每日排便后坐浴保持肛门清洁，对预防感染有积极作用。建立正常的膳食习惯，因肛瘘的发生与湿热有关，对于油腻饮食，可以内生湿热，所以不宜多吃。
怎样会引起肛瘘：瘘一般都在高温的天气犯的。办法就是降温。其实基本每一个人都有肛瘘，或严重或轻而已。每次洗澡时可以把水温调到自己可以承受的温度，然后对着肛门喷射。
肛瘘常见的病因包括腹泻，上火，免疫力低下，比如本身有糖尿病等。最终导致肛门内部肛窦发炎，引起的肛瘘通常是需要手术治疗，或者内痔注射过深或手术后感染，产后会阴缝合后感染，前列腺、尿道手术后感染等，均可波及肛门直肠引起脓肿及瘘。
肛瘘恢复在饮食是比较重要的，首先饮食是流质饮食，高蛋白，高维生素饮食，主要包括蛋类，精肉或者是蛋白粉，多吃新鲜的蔬菜水果，包括香蕉，梨，苹果等，不要吃油腻的东西。
肛瘘的发病很复杂，现在机理不明确，临床上主要以肛腺的感染为主，肛腺长在肛门内，一般看不到，而且肛腺它的作用，跟腮腺的作用是一样，会分泌一些液体软化大便，肛腺口张开细菌进去以后就容易造成感染。这种感染首先表现的是肛周脓肿，就是肛门周围起疖子，但是大部分离肛门近的疖子，基本上都考虑是由肛周感染而来，必须要手术。