针对病因进行治疗，有与肛瘘、痔疮等其他疾病引起的直肠炎，要及时对相关疾病进行治疗，及时去除诱因。对于血吸虫感染引起的直肠炎进行去除血吸虫治疗。对症治疗，直肠炎会引发一系列的肠胃症状，对于腹泻病人，可以使用止泻药进行止泻治疗。对于直肠过于疼痛病人进行止痛治疗，注射止痛药物等，同时还可以进行中医中药治疗，以达到最大的治疗效果。
有排便异常，有便秘、腹泻或便秘腹泻交替出现，血便、粘液便或脓血粘液便，有粘液或粘液血便腹痛，可有轻至中度下腹隐痛。清除异物和注入药液，用手指将异物通过腹壁捏碎并向后移送，或者借助钳子，通过肛门弄碎并取出。
考虑直肠炎引起腹痛腹泻大便次数增多，饮食清淡规律易消化吸收，忌辛辣刺激生冷油腻食物，注意休息，避免腹部受凉情况，可以考虑应等药物治疗观察看看。必要时可以考虑当地正规综合性医院消化科就诊肠镜复查。
一般情况下，艾灸肛门对直肠炎的治疗，能达到辅助治疗的效果。
直肠炎多由肠道内菌群失调、有害菌滋生引起，而艾炙通常无杀菌、消炎之功效，故艾灸无法直接用于直肠炎，只能起到辅助治疗的作用。直肠炎以药物治疗为主，在平时要注意生活作息规律，尽量不吃辛辣刺激性食物，不要滥用抗生素，以免对肠道正常菌群造成损害，这样才能控制直肠炎病情。
直肠炎的治疗有灌肠，对于粪便硬块嵌顿导致的直肠炎应采取灌肠，解除粪便压迫。由于引发直肠炎的病因较复杂，治疗原则应根据引发直肠炎的病因及疾病采取相应的治疗措施。可以通过粪便、涂片或活检组织进行细菌、真菌和病毒检测；相关抗体及毒素测定。要注意休息和饮食。
直肠炎栓是可以治疗直肠炎的，栓剂作用比较直接效果也是比较好的，平时也可以去附近医院中医科诊脉，看看舌苔，辩证调理中药汤剂灌肠治疗等，平时需要，消除各种可能致病的因素，如避免进食对胃黏膜有强刺激的饮食及药品，避免辛辣刺激食物，避免油腻的食物，戒烟忌酒。注意饮食卫生，防止暴饮暴食。
