肛瘘可以选择手术进行治疗。有时可以暂时关闭瘘口而不排出脓肿，导致局部肿胀和疼痛，体温升高，随后封闭。闭合性瘘破裂，脓液排出。瘘管也可排出气体或粪便。同时要保持大便顺畅，不吃辛辣刺激性食物。
一旦确诊为肛瘘，唯一有效的方法就是手术的，除此之外没有任何保守疗法的，可以选择微创无痛手术的。建议多注意观察目前的情况，可以使用碘伏液进行擦拭消毒。疼痛感会随着时间慢慢减少减小。恢复需要一个多月的时间。
肛瘘卧床休息的同时，可以每天适当下床活动，如缓慢行走，利于伤口的渗出分泌物流出来。对低位单纯肛瘘手术，创面不大的，可到户外散步、打太极拳、做深呼吸运动、练气功、做体操等。对于高位复杂性肛瘘的病人，在术后应坚持室内散步，以促进身体血液循环。当内口挂线完全脱落时，病人可以走出户外，做一些简单的健身运动，促进伤口修复。另外，病人可适当做一些提肛运动、弯腰、下蹲、爬楼梯运动，以加强肛门功能锻炼。
当瘘确诊之后，可以选择进行挂线疗法、手术治疗等方法进行治疗。造成肛瘘主要是因为肛周脓肿自行破溃或切开引流后处置不当。肛瘘的临床症状有肛周流脓，潮湿瘙痒。患病的人一定要积极保持个人卫生的清洁，尤其是肛门清洁。除此之外，一定要排便后及时清理肛门，在患病期间千万不要吃辛辣的食物，预防便秘的发生。
瘘手术后一定要非常注意术后的处理，这是非常重要的。肛瘘手术的注意事项主要包括：坚持换药，随时观察伤口的生长情况，比如观察手术创面肉芽组织新鲜不新鲜、引流通畅不通畅、是否需要清创处理。第要经常坐浴，尤其是大便以后，一定要注意清洗肛门，使用中药或者是清水清洗肛门，保持肛门部的清洁。第一定要注意饮食，饮食要以清淡容易消化的食物为主，尽量的少食用辛辣刺激性的食物。
