直肠内异物损伤后感染，肛管直肠癌破溃或波及深部的感染，都是肛周脓肿的发病原因。感染性因素，感染是引起肛门脓肿的主要原因。因肛裂、痔疮、肛窦炎、肛门周围皮肤毛囊汗腺炎及肛门周围皮肤病等感染，可形成肛周脓肿。术后因素肛门直肠手术引起感染，而形成的直肠周围脓肿，以及尿道术后感染、会阴部术后感染等引起肛周脓肿。医源性因素，大部分都是治疗方法不当引起的。如内痔手术治疗，因操作不当或感染形成肛周脓肿。
肛周脓肿一般是由于肛窦炎造成的，局部形成脓肿以后保守效果不好。和饮食也有一定的关节，经常吃一些含有刺激性的东西，比如是一些辛辣的东西，久而久之导致炎症问题。
出现肛周囊肿主要与各种因素引起肛腺感染有关，比如痔疮、肛瘘、肛门周围皮肤毛囊汗腺炎及肛门周围皮肤病等感染。除此之外，与医源性因素、术后因素等引起肛周皮肤损伤感染所致。
肛门周围出现小硬块或肿块，继而疼痛加剧、红肿发热、坠胀不适、坐卧不宁、夜不能眠、大便秘结、排尿不畅及里急后重等直肠刺激症状。囊肿自行溃破后，疼痛暂时有所缓解。低位囊肿出现剧烈肛门疼痛，且这种疼痛持续不减。
肛周囊肿没有运动疗法，因为运动治不好肛周囊肿，但是肛周囊肿手术后，头几天还是尽量少运动，多卧床休息。如果说运动对肛门有好处，那比较好的运动就是收缩肛门的运动，叫做提肛运动，这种运动对于卧床，久坐的白领，久站的劳工等都有好处。
容易造成肛周囊肿的主要病因，痔疮经常发作、大便干燥、尤其是有肛交行为，肛门内尖锐湿疣发生的几率会比普通人高一些。肛门囊肿早期的症状是先感到肛门周围出现了一个小硬块或肿块，继而疼痛加剧、红肿发热、坠胀不适、坐卧不宁、夜不能眠、大便秘结、排尿不畅成里急后重等直肠刺激症状。并随之出现全身不适、疲惫乏力、体温升高、食欲减退。一般在1周左右可形成脓肿，在肛门周围成直肠内指诊可摸到柔软、压痛、有波动的肿物。