肛周囊肿早期保守治疗，可以药物治疗，并辅以中药清热解毒，理疗等方法辅助，也可以做手术治疗，另外也在饮食上要多加注意，多吃一些清淡富含纤维比较高的食物，多注意运动。
肛周囊肿检查B超和MRI检查。多为椭圆形，均匀的低点状回声且内部无血流信号，多数伴后方回声增强，伴发感染时则回声不均匀，呈现无回声或增强回声，而发生于睾丸部分的表皮样囊肿有典型的“洋葱皮”样、“漩涡”样、“螺纹征”表现。
肛周脓肿，可以到普通外科，周脓肿这种疾病诊断明确，应该及时的选择手术治疗，进行切开引流，同时也要留取细菌学的依据，指导抗感染治疗。术中要仔细的探查，清除脓汁。确切的找到内口，进行切开。手术以后要定期的进行换药，叮嘱病人增加营养，促进恢复。
肛门视诊：是对肛门周围皮肤有无增厚、红肿、血性、脓性分泌物、皮疹及瘘管等方面进行视诊。肛门指检：肛门指检就是用一个手指头伸进病人的肛门，以检查疾病的一种简便易行却非常重要的临床检查方法。准确的直肠指检，大致可以确定距肛缘7～10cm的肛门、直肠有无病变和病变的性质。便常规检查：可以了解消化道有无细菌、病毒及寄生虫感染，及早发现胃肠炎、肝病，还可作为消化道肿瘤的诊断筛查。
触摸法，探针检查、注入染色剂、灌注双氧水。介入法低位切开高位乳胶管引流法双氧水灌注法，双氧水灌注法适应各种瘘、尤其是高位复杂的。通过显示的数据就可以检查出患者的情况。