主要是疼痛，最初的疼痛，化脓时跳痛，排便时疼痛加重，脓肿，在肛门前方可发生尿潴留，脓肿肛门后方出现在尾部疼痛，全身中毒症状轻，局部肿胀，红肿，压痛，有波运动。局部见肛门一侧，发红，肿胀，压痛，燃烧，痛苦的疼痛，活动和排便时疼痛加重，有排尿困难。
发热是肛周脓肿的早期症状，局部会出现红肿并伴有发热现象，常为低热，有时可出现高热。还会有全身倦怠不适，食欲不振，睡眠欠佳等症状。肛周脓肿最主要的症状是疼痛，这种疼痛会非常剧烈，且会逐渐加重，行走不便，端坐受限。
肛周脓肿是一种生活中非常常见的肛门直肠疾病。对于肛周脓肿病者，如果不及时治疗，将会造成许多后果，并极大地影响他们的生活。肛周脓肿最主要的症状是疼痛，疼痛剧烈，且逐渐加重。脓肿自行溃破后，疼痛暂时有所缓解。低位脓肿出现剧烈肛门疼痛，且这种疼痛持续不减。直肠周围脓肿最主要表现是局部坠胀和便意感。发热常见，最高可超过40°建议病人尽快检查并及时治疗。
肛周脓肿主要是肛门周围疼痛、肿胀、有结块，发病很快。典型症状是肛门周围及臀部出现脓包，甚至屁股两侧都肿大，有的会阴部甚至也会发生脓肿。并且，会同时出现轻重不一的症状，如发热、困倦、坐卧不安等。甚至有病人会出现败血症的中毒症状。
先感到肛门周围出现了一个小硬块或肿块，继而疼痛加剧，红肿发热，坠胀不适，坐卧不宁，夜不能眠，大便秘结，排尿不畅成里急后重等直肠刺激症状。并随之出现全身不适，精神疲惫乏力，体温升高，食欲减退，寒战高热等全身中毒症状。
在创面上有内口、瘘管，创口经久不愈，成为肛瘘的外瘘口。自外口反复流出少量脓性分泌物和粪水污染内裤，分泌物时多时少，分泌物对皮肤的刺激，可引起局部皮肤瘙痒，严重者皮肤发生湿疹样改变。