虽然手术治疗对肛乳头瘤是治疗性的，但要严格掌握其手术时机。要根据其病情不同时期的发展，采用相应的综合治疗方法，对早期的采用一些预防性的治疗，对不能手术的病人，在治疗的同时，配合中药灌肠治疗，以提高疗效。在手术当中要注意保护肛管皮肤，尽量减少对肛管皮肤的损伤，避免后遗症的发生。
肛乳头瘤是要通过手术切除的方式来消除的，这样会比较彻底，要积极的治疗，以免耽误病情，增加治疗的难度。饮食要注意清淡为主，不要吃辛辣刺激的食物，对于控制病情也是有帮助的。
肛乳头瘤可以到肛肠科检查明确，肛门清洁卫生，必要时手术治疗。忌辛辣刺激，饮食清淡，避免便秘，注意肛门清洁卫生，可以应用药物，必要时肛肠科手术治疗。也可以外用涂抹消炎药物，多注意观察。
肛乳头瘤的中西医结合治疗，是目前临床上常采用的方法。西医认为手术是治疗肛乳头瘤复发方法，但手术损伤的范围较大，术后难免会引起一些并发症和后遗症。中医采用结扎方法治疗，结合使用中药，通过人体整体的调整，充分调动人体内在的因素，而达到治疗的目的。如果将二者充分的结合起来，互为应用，对疾病的治疗和预防，将起着积极的作用。
肛乳头瘤医治疗以消炎，祛除痔疮为主。肛乳头瘤是指肛乳头因粪便和慢性炎症的长期刺激增大变硬，是肛门直肠常见的良性肿瘤之一。起病隐匿，病性进展缓慢，为良性肿瘤，治疗愈后效果好。