肛瘘的治疗原则是将瘘管切开，形成敞开的创面，促使愈合。肛瘘不能自愈，不治疗会反复发作，需要手术治疗。肛瘘的手术方式很多，手术是减少肛门括约肌的损伤，防止肛门失禁，同时避免肛瘘的复发。
肛周脓肿是由于肛管直肠周围软组织或周围间隙内发生急性化脓性感染所致。建议出现肛管直肠周围脓肿应及时治疗，少数肛周表浅的脓肿可采用抗生素治疗、热水坐浴、局部理疗等方法消散，但多数需要手术切开脓肿，充分引流脓液，防止其不断扩散，以减轻疼痛等症状。
如果是已经形成了肛瘘，就要立即手术，因为时间长了，容易形成多个瘘管，增加手术的复杂性和痛苦。越早手术越好，因为这与医生的技术和经验有很大关系，所以要到正规的肛肠专科医院手术治疗，这样能很快得到治疗。还不复发。
得了肛周囊肿要去相关机构进行检查治疗。可以多吃新鲜蔬菜水果补充营养，也可以通过一些食补，比如鸽子汤、黑鱼汤等补充元气。但是在饮食上是需要忌口的，就是辛辣刺激食物不能吃，还要戒烟戒酒。
肛周囊肿最多见的就是皮脂腺囊肿，或者是浅表的感染之后继发的囊肿，会有明显的肿物，或者病人出现排便异常，甚至排便不成形，排便困难；反复的刺激也会导致大便带血，进而影响到病人的生活或者工作。