虽然手术治疗对肛乳头瘤是治疗性的，但要严格掌握其手术时机。要根据其病情不同时期的发展，采用相应的综合治疗方法，对早期的采用一些预防性的治疗，对不能手术的病人，在治疗的同时，配合中药灌肠治疗，以提高疗效。在手术当中要注意保护肛管皮肤，尽量减少对肛管皮肤的损伤，避免后遗症的发生。
肛乳头瘤治疗最快方法是手术治疗，可以采取微创手术，可以做肠镜手术，手术中需要用麻醉，因此在手术中是感觉不到疼痛的。因为在做肠镜检查时一般不需要麻醉，所以会有明显的感觉，做手术不一样，会采取麻醉，不会有疼痛感的。
如肛乳头较大，一般主张手术治疗，与肛裂一齐处理。坐浴法：热水坐浴每日1-2次，局部热敷，改善血液循环促使炎症的吸收。使用药物涂以乳头上，可以治疗。平时要注意休息，多喝热水。
肛乳头瘤手术治疗比较好。病情相对比较复杂，也比较严重。保守治疗效果也不好，长期拖着反而会使病情加重。尽快行手术治疗，彻底治疗疾病。同时要注意保养、饮食宜清淡，忌食辛辣刺激食物，多吃含纤维素的食物，如蔬菜水果、香蕉、燕麦、荞麦、玉米面。戒烟戒酒。平时要保持肛门干燥清洁，养成良好的排便习惯，保持大便通畅。排便时间不宜过长。避免久站久坐。
肛乳头瘤治疗：早期积极治疗肛窦炎症是预防肛乳头瘤的关键。对较大的肛乳头瘤，若有脱出，应及时送回肛内，以免发生水肿及嵌顿、坏死、出血等。肛乳头瘤为良性肿瘤，本病一般认为有恶变趋向，主张早期手术治疗，以开放性手术切除为主。