肛周脓肿起病急，症状明显，痛苦大，要想治疗肛周脓肿，只能通过手术的方法进行治疗。手术治疗主要采用抽脓减压、切开排脓的治疗方法，根据不同位置的肛周脓肿，采用不同的手术方式：低位脓肿－直接切开；马蹄脓肿－切开加旷置；高位脓肿－挂线术；高位脓肿-等压引流术，药物治疗：可以口服抗生素、使用外用药物或者内用药物进行治疗，主要起辅助作用。
肛周脓肿能完全康复。肛周脓肿的处理原则是切除病变的肛隐窝，尽可能探寻内口所在。切开引流彻底清创暗腔，所有症状可随切开引流而消失。术中选择1点、11点切口，此部位脓肿多见于皮下和括约肌间隙脓肿。脓腔清创引流，脓肿暗腔清除与切除肛隐窝、选择切口有着同等意义，这是过程中的一个非常重要的环节，不容忽视。
肛门直肠周围脓肿的治疗原则主要是控制感染扩散，减轻病人的痛苦，少数病情较轻的肛周脓肿用抗生素、热水坐浴及局部理疗等，脓肿可以消散，需要手术治疗，保守疗法包括全身或局部应用有效的抗生素，静脉滴注或灌肠外用，一旦脓肿形成，最积极的方法是及时切开引流。
肛周脓肿手术可以治疗，而且确诊后尽快手术，原因不使感染向全身蔓延，避免发生脓毒血症、败血症而危及生命。防止感染向其他间隙蔓延，以防马蹄形脓肿而增加手术的难度，防止脓肿破溃后形成肛门瘘，及早缓解疼痛，解除痛苦，防止肛门括约肌受损而影响肛门的括约功能。
肛周脓肿是肛管、直肠周围软组织内或其周围间隙内发生急性化脓性感染，并形成脓肿；临床上以大肠杆菌、金黄色葡萄球菌、链球菌和绿脓杆菌，偶有厌氧性细菌和结核杆菌等病菌较常见。肛周脓肿是容易复发的，手术后只有找到内口后就可以治疗了，肛周脓肿反复的发作就可以找到内口，找到内口后切开就可以不用治疗了，以后就不会复发了。