肠炎通常会用一些方法减轻直肠黏膜水肿，口服一些药物，改变肠道的菌群，给予一些益生菌药物。医院肛肠科有些病人，采用把弥散的He-Ne激光导到直肠腔里，做黏膜照射也能够起到很好的治疗作用。
少吃辛辣刺激性的食物，保持规律的生活习惯和饮食习惯。注意保持心情的舒畅。直肠炎是可以治疗的，一般是使用中药保留进行观察，或者是使用复方黄柏叶进行灌肠，然后使用麝香痔疮膏和普济栓赛高，同时尽量避免疲劳熬夜。
异物的损伤，是最常见的病因，一些不消化的异物可以引起直肠粘膜的损伤的，从而导致直肠炎。良性肿瘤恶变，也可以引起直肠炎，比如一般的直肠家族性息肉可以恶变。饮食的原因，高脂肪、高蛋白或者是低纤维素的饮食，与直肠炎的发病有明显的关系。有毒的化学品，比如各种杀虫剂不小心服下以后可以导致直肠粘膜的损伤，引起直肠炎。
溃疡性直肠炎大多与不良的生活饮食习惯和烟酒刺激有关，恢复较慢，治疗后容易复发。如果有溃疡性直肠炎，就应该清淡饮食，尽量少吃油腻辛辣刺激性食物，不要吸烟与喝酒，多喝水，多吃蔬菜和水果，及时到正规医院检查治疗。
长期的慢性炎症可能是引起肛门直肠炎的要素。如慢性细菌感染、慢性非特异性结肠炎等，使得粘膜发生肉芽肿、炎性变和假息肉阶段而发生炎变。此外，痔疮、肛瘘、肛裂、毛囊炎等长期刺激肛门皮肤，也可引起炎变。饮食不慎、过度饮酒、过食刺激性强的食物等，不适当的长期服用泻药，肛门内腐蚀性药物过多，细菌感染均可引起直肠炎。