针对病因进行治疗，有与肛瘘、痔疮等其他疾病引起的直肠炎，要及时对相关疾病进行治疗，及时去除诱因。对于血吸虫感染引起的直肠炎进行去除血吸虫治疗。对症治疗，直肠炎会引发一系列的肠胃症状，对于腹泻病人，可以使用止泻药进行止泻治疗。对于直肠过于疼痛病人进行止痛治疗，注射止痛药物等，同时还可以进行中医中药治疗，以达到最大的治疗效果。
首要先做肠镜，明确下具体的病因才能清楚，对症下药。平时注意腹部保暖，避免受凉。要饮食有规律，一日三餐做到定时定量，不过分饥饿、不暴饮暴食，这样有利于肠道消化平衡，避免因无节制饮食而致肠道功能紊乱。
挂正规医院号，有器质性病变的，需要看外科或是肛肠科，比如直肠息肉，克罗恩病，直肠肿瘤；没有器质性病变，需要看消化内科，菌群失调性肠炎，肠道神经官能症，细菌性炎症等。
肠炎通常会用一些方法减轻直肠黏膜水肿，口服一些药物，改变肠道的菌群，给予一些益生菌药物。医院肛肠科有些病人，采用把弥散的He-Ne激光导到直肠腔里，做黏膜照射也能够起到很好的治疗作用。
少吃辛辣刺激性的食物，保持规律的生活习惯和饮食习惯。注意保持心情的舒畅。直肠炎是可以治疗的，一般是使用中药保留进行观察，或者是使用复方黄柏叶进行灌肠，然后使用麝香痔疮膏和普济栓赛高，同时尽量避免疲劳熬夜。