肛瘘由于分泌物的刺激，使肛门部潮湿，瘙痒，有时形成湿疹。当外口愈合，瘿管中有脓肿形成时，可感到明显疼痛，同时可伴有发热，寒颤，乏力等全身感染症状。肛瘘的治疗原则是手术为主，只有进行手术，才能找到原发的内口，并把感染的肛窦、肛门腺及其导管切除干净。
肛瘘的常见因素：肛门周围脓肿：主要因污染粪便滞留肛隐窝，引起肛腺炎，导致肛门周围脓肿，是肛瘘形成的主要原因；直肠肛门损伤：外伤、来自消化道的骨性异物、金属、肛表及肛门窥器检查损伤肛管直肠，细菌侵入伤口即可引起肛门周围脓肿；肛裂：肛裂反复感染，可引起皮下瘘，也可引起肛腺炎。
肛瘘症状是瘘外口流出少量脓性、血性、粘性分流为主要症状，较大的高位肛瘘因瘘管位于括约肌外，不受括约肌控制，常有粪便及气体排出，由于分泌物的刺激使肛门潮湿，瘙痒，有时形成湿疹。当外口愈合，瘘管中有脓肿形成时，可感到明显的疼痛，同时可伴有发热、寒颤，乏力等全身感染症状，脓肿穿破或切开引流以后，症状缓解。
肛周脓肿。肛周脓肿自行溃破或切开引流后造成。肛门裂反复感染：肛门裂反复感染可并发皮下瘘。直肠肛门损伤：外伤、吞咽骨头、金属，肛门体温计，肛门镜检查等损伤肛管直肠，细菌侵入伤口即可引起。
肛瘘的常见症状主要是间断性肛周肿痛及破溃流脓。间断性肛周肿痛，是由于肛瘘外口引流不畅或者暂时封闭以后，瘘道内存在感染，导致局部肿痛。当肿痛到达一定程度后，就会出现外口破裂，继而使脓液引流，病人的症状逐渐减轻。由于没有解决肛瘘的内口和窦道，会经常出现局部肿痛及破溃流脓。由于经常发作，有时候会出现外口引流不畅，这时局部感染以后可能向周围蔓延，会形成多条瘘管。