直肠恶变首要治疗方法是手术治疗。由于大肠恶变绝大多数是息肉型，如果恶变发生在息肉的顶端，而且是早期恶变，便可以在肠镜下切除，不必开腹切除结肠，手术后是否还要进行化疗、放疗，要看恶变有无转移、恶变的分化程度和病人的综合症状。
中医强调整体治疗，分为祛邪、祛邪扶正、祛邪增效、扶正减毒四个部分来治疗直肠恶变，祛邪是指用中要所产生的抗恶变作用达到消灭恶变的目的；祛邪扶正是指运用中医中要扶正解毒的原理，治疗恶变肿的方法；祛邪增效：是指运用中要活血化瘀机理，增强和提高化疗、放疗的抗瘤效果；扶正减毒：是指运用中要调补气血、阴阳的作用，减少放疗、化疗的毒副作用，达到消瘤健身的目的。
必须采取治疗，应以健脾补肾益气除湿为治本之法，清热解毒活血化瘀为治标之法用，辨证施治最忌长期应用大苦大寒之剂，亦可配合中药针，如麦注参麦，注射液等静滴以扶正，采用独有中药配方肠炎I号方，配合西药研粉混合保留灌肠经临床验证疗效满意。
直肠恶变饮食需多加注意，肠蠕动恢复后方可进食，以易消化食物为主，不吃粗纤维太多的食物。多食豆制品、蛋、鱼类等，使大便干燥，便于清洁处理。配合针对性中药扶正抗癌治疗，提高免疫力，改善生活质量，防止进一步转移和复发。
西药结合，炎症发作时就适当的用点消炎药，一旦控制住了就用中药以补为主，增强肠道免疫功能，让肠道滋生有益菌，产生修复功能，结合吃些维生素，平时多锻炼身体，养成良好生活习惯，禁吃辛辣，刺激性食物，慢消化食物，只有这样，病情才会慢慢好转直到恢复。