可以药物治疗，有外治，用消肿止痛洗剂坐浴，外涂药膏，可以使用抗生素，急性发作期可以使用抗生素，但不要超过一周，还可以手术治疗，手术治疗是将瘘管全部切开，必要时将瘘管周围瘢痕组织同时切除，使伤口自基底向上逐渐愈合。
肛瘘是感染性病，早期为肛门周围疼痛，会出现发热，肛门坠胀，在溃疡后会出现流脓血，而且会反复发作，采用手术治。平时也要注意饮食清淡，多吃蔬菜水果，不要吃刺激性的食物，同时也要注意局部的卫生。
推拿是不能治疗肛瘘的。不过做推拿对身体的好处还是有很多的，推拿是利用人体的经络、穴位、皮肤接触性来进行的治疗的方法，能疏通经络、推行气血、扶伤止痛、祛邪扶正、调和阴阳。
肛瘘的诊断较为简单，首先可通过患者的临床表现做出诊断，随后可进行肛周的专科检查，查看肛周是否有破溃的外口，肛门指诊时是否可触及皮下条索状管道从外口通向肛门内，如是则可诊断为肛瘘；除此之外，还可进行核磁、三维超声、腔内超声等检查辅助于诊断；目前的肛瘘手术多是微创手术，但在术后仍会有肛门部的轻微胀痛，在排除复发和感染的因素外，对于术后肛门轻微胀痛可不做特殊处理，正常换药或坐浴、及时复查即可。
应用结扎法。一般多用丝线结扎，通过结扎，利用紧力，使病变组织逐渐坏死脱落，从而达到治疗目的。保守治疗：保持大便通畅，防止腹泻或便秘，以减少粪便对肛瘘内口的刺激。