肛瘘分低位复杂和低位简单，或者高位复杂高位简单，最新治疗方法就是用肛瘘镜进行肛瘘的手术，在肛瘘镜的指示下可以看到管道的走向，把管道通过电的凝固把肛瘘的内壁给凝固掉，内口切除缝合。还有肛瘘栓，就是肛瘘先经过冲洗然后再填充，这样创伤小，肛门术后功能会更好，不会影响生活。
肛瘘的治疗方法目前普遍采取手术治疗，手术是肛瘘的唯一方法，肛瘘分为单纯性和复杂性，低位和高位，手术方式也不一样，如果是高位肛瘘需要采取挂线治疗，一次性切除容易损伤肛管直肠环而引起肛门失禁等。
可以使用邦纳特肛肠智能修复系统通过计算机可控程序，采用高效能数字智能分辨技术，自动识别病灶组织结构、病变范围及病变性质，实施自动化程序可控性操作模式，能快速巡查定位将锁定目标进行智能化处理。治疗过程无疼痛、快速、彻底，无需住院，不影响工作。
大便时不可突然排出，以免伤口因受到外力骤然改变而出现剧烈的疼痛症状。在大便前可在伤口表面及肛门涂抹软膏，以减轻大便对伤口的摩擦和刺激，大便后应当及时保持局部清洁。
大便时不可突然排出，以免伤口因受到外力骤然改变而出现剧烈的疼痛症状。在大便前可在伤口表面及肛门涂抹软膏，以减轻大便对伤口的摩擦和刺激，大便后应当及时保持局部清洁。