一旦确诊为肛瘘，唯一有效的方法就是手术的，除此之外没有任何保守疗法的，可以选择微创无痛手术的。建议多注意观察目前的情况，可以使用碘伏液进行擦拭消毒。疼痛感会随着时间慢慢减少减小。恢复需要一个多月的时间。
治疗肛瘘可以去肛肠科。肛肠科主要是研究肛管和直肠周围的疾病，肛瘘是肛肠科主要治疗的疾病之一。肛瘘发生在肛门周围，是由肛周脓肿破溃之后发展而来的。及时就行医治可以治好。
肛瘘可以选择手术进行治疗。有时可以暂时关闭瘘口而不排出脓肿，导致局部肿胀和疼痛，体温升高，随后封闭。闭合性瘘破裂，脓液排出。瘘管也可排出气体或粪便。同时要保持大便顺畅，不吃辛辣刺激性食物。
得了肛瘘，要吃清淡的饮食，吃饭时，应尽量吃像粥这样的流质食物或者面条饮食。应以平淡、易消化、柔软而富有营养的食品为主，忌食辛辣油腻的食品，宜进食富有营养的，可多煮一些汤服用，有利于排便，也有利于营养的吸收。
一旦发现了，确诊是肛瘘，除外了一些手术禁忌证的情况下，还是要采用积极的手术的治疗。手术的治疗，能达到有效治疗的目的。采用比较安全的术式，对于括约肌，对于肛门的功能影响更小的术式。对于低位的肛瘘，可以采用这种切开的手术。