肛周脓肿早期可以用抗生素来控制进一步发展，但是如果已经形成脓肿了那就不是吃药的问题了，那就需要手术治疗了。可以做肛门镜检查，以明确具体诊断，方便进一步治疗。
治疗肛周脓肿治疗，一般是需要及时切开引流，排出脓液，并且定期进行换药处理，以观察伤口创面的愈合情况，后期可以在每次大便之后，使用消炎溶液坐浴，另外，肛周脓肿的病人需要酌情进行抗菌素治疗，可以根据病情给予口服、肌肉注射或者静脉滴注。
肛周脓肿，在各大城市三甲医院都可以治疗，如果已经出现肛周的脓肿，一般的治疗方法就是手术治疗，局麻下给予手术切开引流脓肿，将脓肿里的脓液排出，减轻肛周的疼痛、肿胀感。对脓肿内给予消毒，用碘伏、双氧水冲洗，之后放入药条，每天进行常规的换药，使脓肿能够逐渐的减小。根据肛周脓肿的病因，再进行下一步的治疗，多数都是肛瘘引起的，可能需要再次切除肛瘘。
对于肛周脓肿，西医常用的是抗生素，可以通过口服或者静脉点滴来进行治疗。
对于肛周脓肿，可以在浅浅的地方涂抹，如果是在皮肤比较浅的地方，那么就可以进行手术。反之，局部脓肿不是消失，而是扩大，或者是软化，就是已经形成了脓液，可以通过切口排脓。对于小儿肛周脓肿，父母要立即送到正规的医疗机构进行正确的处理，以促进病情的好转。上述药品需要在医生的指导下服用。
术后需要恢复大约一个月时间。及时行切开引流术，因为脓肿切开引流是治疗肛周脓肿的主要方法，术后要给予病人止痛、换药等处理，并且要积极保持好病人的引流通畅，这样比病人才能恢复良好。