中医治疗肛瘘病可以用熏洗疗法，主要用于术前术后的治疗，起到消肿止痛的效果。药物可以用：菊花，黄柏，蒲公英等。主要起到清热解毒，消肿止痛，祛湿止痒的功效。可以先熏蒸，然后再用药水进行外洗。
肛瘘属中医湿热下注型，是肛周脓肿的后遗症，肛隐窝呈漏斗状，易出现破溃感染，感染向下蔓延形成肛周脓肿，脓肿溃破后形成肛瘘，分为高位复杂性肛瘘、高位单纯性肛瘘、低位单纯性肛瘘、低位复杂性肛瘘四种类型，瘘口位于直肠外括约肌深层以上称为高位肛瘘，中医采用挂线疗法，其特点是可避免完全切除瘘道而致的肛门升高，因瘘道切除后不易吻合，愈合过程中肌肉收缩会引起肛门升高。
中医治疗肛瘘需要吃一些相关药物进行治疗，同时在平时生活中要注意个人卫生，养成良好的生活习惯，少吃辣以及油腻的食物，注意清淡饮食，避免熬夜劳累。必要时可以到医院检查一下。
中医治疗效果不好，需要通过手术治疗。不过肛瘘拉丝疗法实际上是一种中药的手术方法，即将瘘管壁与丝线或胶线结合，使其慢慢解剖，从而起到治疗肛瘘的作用，应及时到正规医院检查，在医生的指导下进行肛瘘治疗。
中医也主张手术，如挂线疗法就是中医的手术方法。肛瘘只要确定找到内口，将瘘管整个勒开或者切除，是不容易复发的，也可以配合手术制定适合的食疗方法，注意平时饮食要清淡，多吃有利于消化的食物，不要吃辛辣刺激的食物。