初期肛周脓肿治疗去做肛门指诊检查，肛镜检查等。查找病因对症治疗。生活中注意调养，按时作息，少熬夜，多喝水，多吃新鲜的水果和蔬菜，忌食辛辣等刺激性食物，保持大便通畅。
肛周脓肿应该使用抗生素，一般都是应用，革兰氏阴性杆菌的抗生素，温水坐浴，理疗烤电。手术切脓肿切开引流是治疗的最主要的办法，诊断明确就应该切开。肛周脓肿又叫直肠肛管周围脓肿是指，直肠肛管周围的软组织或间隙发生的化脓性炎症。脓肿是急性期的表现，肛瘘是慢性期的表现。
婴儿肛周脓肿的治疗方式如下：
小儿肛周脓肿的治疗要看病情的严重程度，进行针对性治疗。首先，可以用抗生素来控制感染，在家里用温水坐浴。如果形成脓肿，需要切开引流。开始会出现皮肤红肿硬结，然后会变软，会有波动感，还有一些孩子会出现高烧、呕吐等症状。肛周感染是由肛周软组织引起的急性化脓性感染导致的，这是一种很特殊的疾病，一般是由肛门部位的皮炎、疖肿、粗糙的尿布划破肛周组织，或者是感染引起的周围脓肿。
肛周脓肿术后创面都会比较大，所以术后创面的分泌物比较多以及容易出血，而且疼痛也特别的明显。对此建议先让病人排便，排便时间不能太久以及过度用力。排便后用清水冲洗下肛门部位。
肛周脓肿术后的护理主要应注意以下几点：首先，伤口出血，因术后创面易渗血或者结扎线脱落而引起出血，注意术后不能用力活动并防止受压。其次，换药很重要，避免形成瘘管。再者，术后给予2～3天内吃一些半流质饮食，如牛奶、果汁等。最后，术后排便，注意是否有排便困难，要及时处理，排便后应更换敷料或者温水坐浴，以防止感染。