处理脓肿的同时发现感染的内口，并将其一同处理。若脓肿较浅，可直接将感染灶打开，再换药使其愈合。也可通过挂实线或浮线的方法将内口处理，挂实线即橡皮筋等有张力的物质可对伤口进行慢性切割，一周左右后将其打开再换药；挂浮线即将舒适的物质挂于伤口处起引流作用，半年后伤口愈合较好可将线拆除。
处理脓肿的同时发现感染的内口，并将其一同处理。若脓肿较浅，可直接将感染灶打开，再换药使其愈合。也可通过挂实线或浮线的方法将内口处理，挂实线即橡皮筋等有张力的物质可对伤口进行慢性切割，一周左右后将其打开再换药；挂浮线即将舒适的物质挂于伤口处起引流作用，半年后伤口愈合较好可将线拆除。
根据肛周脓肿的情况会采取不同的手术方法，主要有三种。切开引流术适合大部分肛周脓肿患者。内口切开术一般适用于低位肛周脓肿。切开挂线术，适用于坐骨直肠间隙脓肿、前位脓肿及骨盆直肠间隙脓肿等。肛周脓肿的患者要越早治疗越好。
肛周脓肿护理，要改变不良的生活习惯，不能久坐，要经常性的进行锻炼，加强身体素质，可参加一些健身活动，比如瑜伽、太极、慢跑等，促进血液循环，增加肠道蠕动速度，增强身体的抵抗力，对于肛裂的预防跟治疗有很明显的效果。
肛周脓肿手术要切口，找到它的内口，也就是哪个肛线感染，把它的内口感染源给它清除掉。常规的做法是切开引流治疗，这样可以一次性去根肛周脓肿，避免肛周脓肿切开以后，单纯的切开以后，最后又形成肛瘘，需要二次手术。
肛周脓肿，大多数的病人在肛门附近可以触摸到肿块，肿块多有红肿热痛的表现，说明已经充满脓液。出现波动感说明需要及时手术，一般要在腰硬联合麻醉下，切开引流手术，把脓液放出清理脓腔，术后坚持温水坐浴，保持清洁。