长期不治疗会导致癌变。肛瘘初期的时候产生的危害并不大。但是时间一旦加长，将会产生很大的伤害，肛瘘如果长期不采取治疗措施就会危害到身体，甚至还有可能导致癌变的可能性。
如果大便出血经常发生，检查后考虑肛瘘，应考虑大便干燥或便秘引起的肛裂和最终感染引起的肛瘘。应注意饮食习惯的季节性调整，尽量吃一些清淡易消化的食物，多吃蔬菜和水果，养成每天排便一次的习惯，防止便秘。如果病情较严重，应在医院进行进一步检查或手术治疗。
可能是解剖因素。肛门括约肌纵横交错，肌肉的舒张、收缩可影响管腔的塌陷闭合。或是引流不畅，脓液排除后肛门皮肤外口可能暂时闭合，管道及脓腔内的分泌物排出受阻，使管道不能自行愈合。
流脓：脓液多少与瘘管大小、长短及数目有关。新形成或炎症急性发作期的瘘管脓多、味臭、色黄而浓厚，经久不愈的瘘管脓液较少或时有时无。脓液急剧增多，局部脓肿，体温增高。常因肛瘘炎症急性发作或有支管形成。结核性肛瘘脓液多而清稀，呈米泔水样，可有干酪样坏死物。肿块：肛缘索条状硬块。
肛瘘主要是由于肛门腺感染化脓而引起的，考虑是因病人过食油腻，辛辣，还有饮酒不洁等造成的，可选择手术治疗，术后保持局部卫生，保持大便通畅，少吃辛辣刺激性食物，饮食要清淡。