只有手术才能治疗好肛瘘。对于低位肛瘘可以选择瘘道切开一次性治疗；对于高位肛瘘，复杂性肛瘘，直肠粘膜下瘘应选择瘘道切开内口挂线术，术后给予抗炎药物，术区换药及温水坐浴等对症治疗；少数肛瘘可行瘘道切除术后一期缝合或游离植皮。
肛瘘的危害很大，一旦患有了肛瘘以后，都会特别的痛苦。而且一旦肛瘘形成，自愈的机会极少，瘘管复杂化后，带来许多麻烦与一定的危害性。当如果选择好的医院，先进的技术是可以治好不复发的。
肛瘘的治疗方法目前普遍采取手术治疗，手术是肛瘘的唯一方法，肛瘘分为单纯性和复杂性，低位和高位，手术方式也不一样，如果是高位肛瘘需要采取挂线治疗，一次性切除容易损伤肛管直肠环而引起肛门失禁等。
术后病人不宜禁食，应给软质普食，不要由于恐惧大便时疼痛而禁食或少食，只有正常饮食，才能保持大便正常，才能使肛门括约肌有效地收缩与扩张，防止肛门狭窄。忌食有刺激性的食品，如酒类，辣椒、大蒜等辛热之品。由于辛热之品易使肠胃产生湿热，浊气瘀血下注于肛门而复发。
大便时不可突然排出，以免伤口因受到外力骤然改变而出现剧烈的疼痛症状。在大便前可在伤口表面及肛门涂抹软膏，以减轻大便对伤口的摩擦和刺激，大便后应当及时保持局部清洁。
大便时不可突然排出，以免伤口因受到外力骤然改变而出现剧烈的疼痛症状。在大便前可在伤口表面及肛门涂抹软膏，以减轻大便对伤口的摩擦和刺激，大便后应当及时保持局部清洁。