对于肛周脓肿，西医常用的是抗生素，可以通过口服或者静脉点滴来进行治疗。
对于肛周脓肿，可以在浅浅的地方涂抹，如果是在皮肤比较浅的地方，那么就可以进行手术。反之，局部脓肿不是消失，而是扩大，或者是软化，就是已经形成了脓液，可以通过切口排脓。对于小儿肛周脓肿，父母要立即送到正规的医疗机构进行正确的处理，以促进病情的好转。上述药品需要在医生的指导下服用。
肛周脓肿是由复杂的原因引起的，直肠周围的钢管或软组织以及周围空间的细菌感染。还应该注意个人卫生。目前，注意个人卫生，少吃刺激性食物。还要养成一个良好的排便习惯。
肛周脓肿这就是局部有细菌感染，有炎症造成的。需要吃点消炎药的，可以每天用热的淡盐水肛门坐浴熏洗10分钟，来预防感染的发生及促进创面，保持大便通畅，不要干燥和腹泻，禁止吃一些辛辣刺激的，酒，海鲜类的食物。
肛周脓肿不治疗不会自己好，是由于炎症引起的，每天要用生理盐水清洗肛门，外涂点消炎止痛的药膏，严重时可以去医院做引流手术治疗，平时要多喝水，多吃点蔬菜水果，少吃油腻辛辣的食物，尽量保持大便通畅。
肛周脓肿早期可以用抗生素来控制进一步发展，但是如果已经形成脓肿了那就不是吃药的问题了，那就需要手术治疗了。可以做肛门镜检查，以明确具体诊断，方便进一步治疗。
中医治疗肛周脓肿具有其独特的优势，但仅限于对早期肛周脓肿的治疗。中医以消法治疗为主，常用的方剂有仙方活命饮、五味消毒饮，同时配合清热解毒、止痛止痒的中药口服及金黄解毒膏外用，大多数患者可达到临床治好。