肛瘘不能自好，不治疗会反复发作直肠肛管周围脓肿，因此必须手术治疗。治疗原则是将瘘管切开，形成敞开的创面促使愈合。手术方式很多，手术应根据内口位置的高低、瘘管与肛门括约肌的关系来选择。手术的关键是尽量减少肛门括约肌的损伤，防止肛门失禁，同时要避免肛瘘的复发。
治疗肛瘘可以去肛肠科。肛肠科主要是研究肛管和直肠周围的疾病，肛瘘是肛肠科主要治疗的疾病之一。肛瘘发生在肛门周围，是由肛周脓肿破溃之后发展而来的。及时就行医治可以治好。
得了肛瘘，要吃清淡的饮食，吃饭时，应尽量吃像粥这样的流质食物或者面条饮食。应以平淡、易消化、柔软而富有营养的食品为主，忌食辛辣油腻的食品，宜进食富有营养的，可多煮一些汤服用，有利于排便，也有利于营养的吸收。
一旦发现了，确诊是肛瘘，除外了一些手术禁忌证的情况下，还是要采用积极的手术的治疗。手术的治疗，能达到有效治疗的目的。采用比较安全的术式，对于括约肌，对于肛门的功能影响更小的术式。对于低位的肛瘘，可以采用这种切开的手术。
可以食用一些通便，润肠的食物，比如菠菜等，防止大便干燥，保持大便的通畅，来促进伤口的愈合。伤口恢复后期，可多食一些高蛋白、富有营养的食物，如瘦肉汤、排骨汤、黑鱼汤、火腿汤、鸽子汤、鲜鸡汤、甲鱼汤等，以增加营养，补充足量的蛋白质，有利于促进创面的愈合。
饮食上要注意避免辛辣刺激食物，及油炸食物。避免烟酒，注意多摄入新鲜水果蔬菜等富含维生素的食物。多摄入富含有纤维素的食物，比如各类粗粮，以保证大便的通畅排出。有一部分病人，肛瘘发生与身体的免疫功能异常有关系，这些病人容易对食物产生过敏，应该尽量避免虾、蟹、甚至牛奶等容易致敏的食物。