治疗肛瘘最先进的办法是到正规医院检查并治疗，PPH微创术，是一种几乎无创伤的治疗方法，采用的是“下病上治”的治疗方式，在保留肛垫组织下，消除了肛肠疾患发生的根源，避免复发，是世界肛肠手术的前沿技术。
肛瘘的治疗以手术为主。首先要明确肛瘘在那些部位，是单纯性或者复杂性肛瘘，才能明确治疗方案。目前常规的方式是手术疗法。目前有中西医结合治疗，药物压缩疗法治肛瘘不开刀，是一种较好的方式。
肛瘘的检查方法可以做肛门指检，肛门指检为最常见、最直接的检查方法，可触及条索状物及硬结。还有就是美兰造影，将美兰从外口打进，如果美兰由肛门流出，可诊断肛瘘。影像学检查包括B超、磁共振、肛瘘造影。手术探查需在麻醉状态下进行。
肛瘘的危害很大，一旦患有了肛瘘以后，都会特别的痛苦。而且一旦肛瘘形成，自愈的机会极少，瘘管复杂化后，带来许多麻烦与一定的危害性。当如果选择好的医院，先进的技术是可以治好不复发的。
肛瘘有很多治疗方法。常用的是传统药物疗法，传统手术方法和微创疗法。肛瘘由内外口和瘘管组成。如果肛瘘严重，可能有多个瘘管和瘘管。如果传统疗法不能发现准内，完全消除原有感染，或瘘管未完全切除，很容易复发，这是传统手术的一大缺点，肛瘘想要彻底治疗，还需要微创手术肛瘘治疗方法比较好。
根据瘘管深浅、曲直，可选用挂线疗法、肛瘘切开或切除术。手术治疗，原则是将瘘管全部切开，必要时将瘘管周围瘢痕组织同时切除，使伤口自基底向上逐渐愈合。电疗仪治疗，运用现代肛瘘电疗仪的高温物理技术治疗，利用电弧放电产生高温，对局部组织进行烧灼，以切开肛瘘达到治疗目的。