直肠炎的治疗有灌肠，对于粪便硬块嵌顿导致的直肠炎应采取灌肠，解除粪便压迫。由于引发直肠炎的病因较复杂，治疗原则应根据引发直肠炎的病因及疾病采取相应的治疗措施。可以通过粪便、涂片或活检组织进行细菌、真菌和病毒检测；相关抗体及毒素测定。要注意休息和饮食。
一般情况下，艾灸肛门对直肠炎的治疗，能达到辅助治疗的效果。
直肠炎多由肠道内菌群失调、有害菌滋生引起，而艾炙通常无杀菌、消炎之功效，故艾灸无法直接用于直肠炎，只能起到辅助治疗的作用。直肠炎以药物治疗为主，在平时要注意生活作息规律，尽量不吃辛辣刺激性食物，不要滥用抗生素，以免对肠道正常菌群造成损害，这样才能控制直肠炎病情。
直肠炎栓是可以治疗直肠炎的，栓剂作用比较直接效果也是比较好的，平时也可以去附近医院中医科诊脉，看看舌苔，辩证调理中药汤剂灌肠治疗等，平时需要，消除各种可能致病的因素，如避免进食对胃黏膜有强刺激的饮食及药品，避免辛辣刺激食物，避免油腻的食物，戒烟忌酒。注意饮食卫生，防止暴饮暴食。
直肠炎栓是可以治疗直肠炎的，栓剂作用比较直接效果也是比较好的，平时也可以去附近医院中医科诊脉，看看舌苔，辩证调理中药汤剂灌肠治疗等，平时需要，消除各种可能致病的因素，如避免进食对胃黏膜有强刺激的饮食及药品，避免辛辣刺激食物，避免油腻的食物，戒烟忌酒。注意饮食卫生，防止暴饮暴食。
直肠炎的治疗原则有以下几点：中药治疗，应以健脾补肾，益气除湿为治本之法，清热解毒，活血化瘀为治标之用，辨证施治。西药治疗，根据病人炎症明显时可短期使用抗生素配合其他的药物调节肠道功能，需要在医生的指导下进行心理治疗。心理治疗，该病多伴有焦虑，抑郁，紧张，多疑等精神心理改变。
中医认为本症是伤及正气，致肠粘膜破溃所引起，治则应以扶正固本，养血益气为主，兼以清热祛湿，以促进溃疡愈合，炎症消退，直肠炎病人的饮食原则、高热能、高蛋白质维生素无机盐要充足。