初期肛周脓肿治疗去做肛门指诊检查，肛镜检查等。查找病因对症治疗。生活中注意调养，按时作息，少熬夜，多喝水，多吃新鲜的水果和蔬菜，忌食辛辣等刺激性食物，保持大便通畅。
肛周脓肿应该使用抗生素，一般都是应用，革兰氏阴性杆菌的抗生素，温水坐浴，理疗烤电。手术切脓肿切开引流是治疗的最主要的办法，诊断明确就应该切开。肛周脓肿又叫直肠肛管周围脓肿是指，直肠肛管周围的软组织或间隙发生的化脓性炎症。脓肿是急性期的表现，肛瘘是慢性期的表现。
单纯性脓肿的治疗，可在截石位或侧卧下，用局麻或腰麻，在脓肿部位做放射状切口，放出脓液后，伸入食指探查脓腔大小，分开其间隔。必要时将切口边缘皮肤切开少许，以利引流，脓腔与肛瘘相通的脓肿可在切开脓肿后，用探针仔细检查内口，然后切开瘘管，适当切除皮肤和皮下组织，内口周围组织也稍加切除，使引流通畅。如内口较深，瘘管通过肛管括约肌，可采用挂线疗法。以上手术优点是脓肿一期治好，不再形成肛瘘。
是由于肛腺感染引起的肛周化脓性疾病，主要表现为肛周肿痛，下坠等不适。治疗方法可以一次性治好或先行脓肿切开手术，可以中医保守治疗。调理排便，养成良好的卫生习惯等对预防肛周脓肿有很好的效果。
肛周脓肿的治疗方法，包括非手术治疗和手术治疗。非手术治疗方法包括应用抗生素治疗，也可以采取温水坐浴和局部理疗，以减轻排便时的疼痛。脓肿切开引流是治疗肛周脓肿的主要方法，一旦诊断明确，即应切开引流。肛门周围脓肿切开引流术，在局麻下就可以进行，在波动明显处做与肛门呈放射状切口，不需填塞，以保证引流。
肛周脓肿中药治疗方法脓肿没有形成的早期阶段，可以应用汤药进行对症处置，药物可以祛除体内的火邪，阻止脓肿进一步形成。脓肿已经形成，应用中药主要是外敷外用的方式，使脓尽快排出来，这样对于人体的影响会降到最低，对于疾病的预后也有好处。